La historia parte del final acontecido en Dragon Ball Z, una década después de la victoria de los guerreros Z sobre Majin Boo. Así, Dragón Ball GTse inicia cuando Pilaf logra encontrar las «Dragon Balls Definitivas» y convierte a Son Gokū en un niño, tras pedir accidentalmente dicho deseo al dragón. Poco después, las Dragón Balls se esparcen por el universo entero y deben ser recolectadas en un plazo menor a un año o el planeta en donde se pidió el deseo, la Tierra, será destruido.

Gokū, Son Goten y Trunks deciden embarcarse en la búsqueda de las «Dragon Balls Definitivas» para encontrarlas lo más pronto posible. Sin embargo, en el último instante antes de partir, Pan, nieta de Gokū e hija de Son Gohan, entra en la nave y logra ponerla en marcha, dejando fuera de la misión a Son Goten y emprendiendo de esta forma el gran viaje junto a su abuelo y Trunks.Durante su recorrido deben pasar por diversos planetas. Finalmente, después de vencer a cada uno de sus oponentes y reunir las Dragón Balls, regresan a la Tierra, la cual se  junto con sus extintos habitantes.